درمیان مردم ایران نیزنوعی خشم از عملکرد غیر حرفه ای آژانس وجود دارد. زیرا آنها  آژانس را یکی ازعوامل اصلی ترور دانشمندان هسته ای ایران می دانند. به همین دلیل بازرسان هنگام ورود به ایران با خیل دانشجویان معترضی مواجه شدند که تصاویری از شهید مصطفی احمدی روشن در دست داشتند.مهندس احمدی روشن معاون بازرگانی شرکت کالای الکتریک و تاسیسات نطنز صبح روز چهارشنبه 21 دی 1390 (11 ژانویه 2012) به شهادت رسید.

از آنجا که تنها  اژانس بین المللی انرژی هسته ای  به اطلاعات مربوط به برنامه هسته ای ایران دسترسی دقیق دارد و ازآنجا که ظرف سال های اخیرمکررا مواردی وجود داشته که اطلاعات محرمانه ایران به طرف های غیر مسئول درز کرده، باور عمومی در بین مردم ایران آن است که  آژانس یکی از متهمان اصلی ترور دانشمندان هسته ای  ایران است.

بنابراین فضای مذاکرات اگرچه در بین مسئولین ایرانی جدی و مبتنی بر ادامه همکاری همه جانبه با هیات مذاکره کننده است اما تحت تاثیر فشار افکار عمومی همچنان با ملاحظاتی همراه است.

1- سرپرستی اين گروه را «هرمن ناكارتس» بر عهده دارد كه در آگوست سال 2011 به همراه هیات همراه  ازنطنز، فردو، اصفهان (تاسیسات تبدیل و تاسیسات تولید سوخت 20 درصد)، نیروگاه بوشهر، راکتور آب سنگین اراک ، تاسیسات تولید آب سنگین اراک و همچنین تاسیسات تولید قطعات و مونتاژماشین های سانتریفیوژدرنطنزبازدید کرد. درشرایطی که ایران براساس سیاست « صداقت وشفافیت صد درصدی » امکان چنین بازدیدی را فراهم کرد اما اقای ناکارتس درنوامبر2011  گزارشي را عليه ايران منتشر كرده بود که متن آن دقیقا براساس ادعاهای واهی آمریکا تنظیم شده بود.

2- دردور قبلی مذاکرات آقای ناکارتس متن گزارش خود را، با وجود آنکه بر اساس اساسنامه آژانس باید محرمانه باشد همراه مدارك مختلفي از جمله مكاتبات مقامات جمهوري اسلامي ایران  و همچنين تصاوير ماهواره اي از پايگاه نظامي در منطقه "پارچين" تهران را در اختيار اعضاي شوراي حكام و خبرگزاری  رویترز قرار داده بود.  

3- علاوه برهرمان ناكارتس رئیس هیات که مهم ترين مقام آژانس پس ازآمانو به شمار می رود ، آقای رافائل گروسي آرژانتيني به همراه مسئول حقوقي آژانس پري لين جانسون كه شهروند آمريكا است نيز به ايران آمدند.این دونفردرواقع به دلیل گرایش های ضد ایرانی که دارند، نمی توانند به عنوان کارشناسان بی طرف در مذاکراتی شرکت کنند که هدف از آن، رسیدن به خطوط مشترکی است برای دستیابی به راه حلی که مورد قبول دوطرف باشد .

4- آیا آقای ناكارتس به رغم اینكه آژانس تاكنون هیچ مدركی دال بر انحراف مواد هسته ای در جهت اهداف نظامی پیدا نكرده است می خواهد 'لپ تاپ' آمریكایی یا به اصطلاح همان اسناد 'مطالعات ادعایی' را بر روی میز مذاكره بگذارد.

5-  در سال 2007 طبق مدالیتی یا برنامه عمل یا همان سند 60711، شش موضوع 'آزمایشات پلوتونیوم'، 'سانتریفوژهای پی یك و پی دو'، 'منشاء آلودگی'،'سند اورانیوم فلزی' ، 'پلونیوم 110' و 'معدن گچین' حل و فصل شد و ایران در این شش زمینه از آژانس گواهی گرفته بود.

6- خصوص مطالعات ادعایی ' Alleged Studies' ضمن تاكید بر اینكه این ادعاها بی اساس است خاطرنشان كرد كه حاضر است 'در صورت تحویل مدارك' ارزیابی خود را ارایه دهد.

هرچند آژانس در آن زمان مدارك را تحویل نداد، اما جمهوری اسلامی ایران طبق توافقنامه 2007 تعهدات خود را انجام داد و مشخص شد كه مدارك اصالتی ندارد و اصولا مواد هسته ای و كاربرد آن مطرح نبوده بلكه ادعای مطالعات است و فعالیت عملیاتی و سایتی مطرح نیست و ایران در 117 صفحه ثابت كرد كه ادعاها در خصوص فعالیت های هسته ای ایران ساختگی است.

با توجه به موراد فوق ، ازيك سو مقام ها ايران به احتمال انتشار اسامی دانشمندان هسته اي ايران توسط اين بازرسان اذعان دارند وازسويی ديگرسابقه و رويكرد رئيس تيم بازرسان آژانس را مي دانند  وقتی چنین جو نامناسبی تحت تاثیر سابقه افراد مذاکره کننده وجود دارد این سئوال منطقی به ذهن می رسد که آیا اقای آمانو نمی توانست شخصا مسئولیت هدایت هیات را برعهده بگیرد و یا حداقل افراد خوش نام تری که سابقه بی طرفی در بررسی موضوع حساسی مانند پرونده انرژی هسته ای ایران دارند به این ماموریت مهم اعزام کند؟  در چنین شرایطی این پرسش مهم دیگر هم مطرح است که مسئولین ایرانی تا چه میزان می توانند با تیم اعزامی از سوی دبیرکل به عنوان تیم حرفه ای برخورد کنند که ادعا می شود هدف انها صرفا اعتماد سازی است؟ براین اساس می توان گفت احتمالا مذاکرات تهران آغاز یک سلسله مذاکرات طولانی مدت خواهد بود.